Bom, eu acho que depende muito da situação.
Creio que o olho transplantado (sharingan) desativado, dará o poder ativação/desativação do doujutsu, como um Uchiha normal.
Kakashi por exemplo recebeu o sharingan ativado, pode ser por isso que ele não desativa.
O Rinnegan não poderia ser desativado porque para tal ele voltaria para o estágio anterior, FMS, que Nagato ou Obito não tem.
E ainda tem a hipótese de o olho ser compatível com a pessoa por acaso..
Enfim, nada dá para afirmar.